Mayako Kubo, in Kobe aufgewachsen, studierte Klavier in Osaka. 1972 ging sie nach Wien und studierte dort Komposition. Sie setzte ihre Studien bei Helmut Lachenmann fort. 1986 ließ sich Kubo in Berlin nieder. Ihren Kompositionsstil verdankt sie ihrer klassischen Klavierausbildung, und der elektronischen Musik. In den 1990er-Jahren wendete sie sich verstärkt dem Musiktheater zu und entwickelte dafür eine ganz spezifische, freie und expressive Tonwelt.

Die Uraufführung der Oper „Rashomon“ 1996 in Graz – Auftragswerk des Grazer Opernhauses und des Steirischen Herbstes – geriet zu einem der Höhepunkte ihrer Karriere. Die zweite Oper, Auftragswerk des New National Theatre Tokyo, „Osan“ folgte 2005. 2009 gründete sie YACOB, das Young Asian Chamber Orchestra Berlin. Ihre dritte Oper „Der Spinnfaden” kam 2010 in Berlin zur Uraufführung. 2014 war Kubo Composer in Residence der Musiktage Mondsee. Im Herbst 2014 sorgte ihre Kinderoper „Träume” als die erste Kinderoper, die durch das Grundschul-Orchester begleitet ist, in Japan für großes Aufsehen. 2019 war Kubo Composer in Residence des Rundfunk-Sinfonieorchester Berlin. Das Konzert „John Rabe – Endstation Siemensstadt“ im Jahr 2021 und „Ich will zornig sein“, Text von Thomas Bernhard, im Jahr 2022/23 zeigen die künstlerische Vielfalt ihrer Kompositionen. Mayako Kubo war Fellow der Japan Foundation, des Hanse-Wissenschaftskollegs und der Bogliasco Foundation.

Ihre Kompositionen wurden auf den wichtigsten internationalen Musikfestivals wie den Donaueschinger Musiktagen, MaerzMusik, Musikprotokoll oder Wien Modern aufgeführt. Ihre Werke sind im Ariadne Musikverlag, Breitkopf & Härtel und Verlag Neue Musik erschienen.